亞甲基藍，發亮深綠色結晶或細小深褐色粉末，帶青銅光澤，無氣味，在空氣中穩定，溶解在水中與藍墨水很相似，但兩個物質是不一樣的（純藍和藍黑墨水主要物質是弱酸性染料甲基藍）。亞甲基藍的應用非常廣泛，常見的用途如下：
1)次甲基藍可用于染色;
2)優等品次甲基藍可用于殺菌、消毒;
3)工業級次甲基藍用于棉、腈綸、麻、蠶絲、紙張染色，也用于竹木的著色和用來制造墨水（紅墨水）、色淀;
4)分析純次甲基藍用作化學試劑中的氧化還原指示劑、吸附指示劑和生物染色劑，如汞、錫、硼等多種金屬的測定，血清蛋白檢驗用混合指示劑，脫落細胞檢驗染色液，堿性美藍染色液。
5)分析純次甲基藍用作測定汞、錫。還原滴定劑，用以沉淀高氯酸鹽和錸酸鹽。催化光度測定硒和鉬。
6)解毒藥物，可用于亞硝酸鹽、磺氨類、氰化物及一氧化碳等中毒的解毒藥。
7)次甲基藍用于新材料開發。
8)細菌染色劑

今天想說的是亞甲基藍在水產上的用途。水產養殖者用它來替代孔雀石綠，消毒殺菌；在繁殖場常用來洗滌魚卵，防治水霉；對小瓜蟲病、斜管蟲病、紅嘴病、等魚病都有效；也可用在水產品運輸過程中。其作用機理是溶解在水溶液中的子型的亞甲基藍與微生物酶系統競爭氫離子，使酶處于無活性的氧化狀態，微生物因缺乏酶而失去生存能力。

因為亞甲基藍的高效、廉價，在水產上使用很頻繁，因此很多研究者也開始研究它的安全問題。

在水絲蚓（紅線蟲）的急性毒性中，亞甲基藍達到一定濃度時，稍有增加就會引其大量死亡，在治療南美白對蝦不同發育階段的鏈壺菌病時，亞甲基藍只有在其感染不嚴重時才有效；嚴重感染時，中等濃度一次也不能有效殺滅，多次中等濃度或高濃度使用又會造成南美白對蝦蚤狀幼體死亡。這些結果表明，亞甲基藍還是有毒副作用的。雖然在國家發布的禁用漁藥清單上，沒有將亞甲基藍列為禁用漁藥，但是它自身結構中確實含有與孔雀石綠一樣的高殘留的三苯甲烷結構，一旦殘留在食品中被人食用，同樣會導致畸形的發生。在日本與美國，亞甲基藍是不允許用于水產養殖的。
進出口貿易水產品亞甲基藍藥殘檢測中，高效液相色譜法檢出限為2ug/kg，液質聯用法檢出限為1.0ug/Kg，這就要求我們要慎用亞甲基藍，使用的濃度必須在一個合適的范圍內，且要嚴格執行休藥期。但是我們在實際成產中是很難掌握用藥濃度的，特別是在水霉發生階段，亞甲基藍的使用濃度和次數都是超標的；含有高濃度亞甲基藍的養殖廢水大都是直接排放入外界環境，這又會使外界水體環境受到污染，生態環境遭到破壞。
現在市面上已經有很多新藥物是可以用來防治水霉的，且效果很不錯，如水霉凈、水霉克星等。因此，建議大家可以在觀賞魚上使用，而水產養殖上能不用就不用；能少用就不多用；使用時必須是藥用級亞甲基藍，用了就要嚴格休藥期；用后的水體不亂排，集中處理后再排。